来源：内蒙古农大 | 2023-01-13 09:30:38 |
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由内蒙古农业大学作为唯一单位完成的“内蒙古人肠道菌群的高质量基因组简编”（A high-quality genome compendium of the human gut microbiome of Inner Mongolians）研究成果作为封面文章发表于微生物领域国际顶级期刊《Nature Microbiology》（2023, 8: 150-161）。本文第一作者为食品科学与工程学院2018级博士研究生靳昊，2022级博士研究生全柯谕和何秋雯助理研究员为共同第一作者，张和平教授和孙志宏研究员为通讯作者。大量数据已证实肠道菌群在人类健康和疾病中扮演着重要角色。然而，目前地球上超过99%的微生物仍未被培养，被称为“暗物质”，对微生物组研究是一个重大挑战。近年来，基于非培养策略下的宏基因组学分箱技术，为各种自然生态位中大量尚未被培养的微生物提供了参考基因组，使得有机会对这些“暗物质”有基本的认识。然而，当下参差不齐的基因组质量和非典型地区人群样本的缺乏极大地限制了对暗物质更深入的理解。该研究基于一项益生菌（Probio-M8）发酵乳人群干预实验，采用超深度混合宏基因组测序方法，直接从志愿者肠道微生物组中组装出Probio-M8基因组，以此评估了组装的准确性，建立高质量基因组组装流程。基于分箱的宏基因组分析策略和方法，构建了内蒙古人肠道高质量基因组数据库（IMGG），包括802个环状、完整基因组（CMAG）和5927个高质量基因组，显著提升了基因组元素的分辨率和质量，包括核糖体RNA操纵子（rrn）、代谢基因簇、前噬菌体和插入序列（IS），并首次报道了未培养物种的rrn拷贝数，以及超过12000个未知的肠道前噬菌体及其功能特征，IS元素在肠道细菌中的分布情况，重新认识了这些被严重低估的区域在肠道微生物组研究中的潜在重要性，为内蒙古人肠道菌群与健康的深入研究奠定了数据基础。
